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如何用oligo设计基因敲除的引物

2023-07-28 08:34:36
共1条回复
阿里阿涅德
第一步:新建序列(或者通过Open直接打开序列)
第二步:确定你要设计引物的起始位点,双击下面的序列可以选中一段(暂时先不要管引物长度)
第三步:选择作为上游引物Select->Forward Primer,然后你会发现下面的序列上有相关引物
第四步:编辑引物,Edit->Forward Primer,可以在文本框中对引物进行添加或删除(在此步骤中加入酶切位点或/和保护碱基),最下面是发夹结构情况,没有发夹结构最好,参与配对形成发夹结构的碱基对越少越好(此窗口还有Tm等信息)
第五步:分析引物Analyze->Duplex Formation->Forward Primer是上游引物形成二聚体情况,不形成最好,参与配对形成二聚体的碱基对越少越好;Analyze->****->Forward Primer(Analyze菜单中有很多可以对引物进行评估的功能,根据菜单名字便可知道)
第六步:设计下游引物(同上游引物设计)
第七步:将设计好的引物进行检查是否移码等等,然后从中Ctrl+C复制出来,

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为什么上游引物一样,下游引物反向互补

简单的说上游引物就是和要扩增基因片断上游序列结合的引物,下游引物指与目的基因片断下游序列结合者.上游引物:DNA分子两端不一样,因为核苷酸分子不是对称的,5"位有个磷酸,3"位是-OH 就是:磷酸端和羟基端。DNA复制总是从5"端到3"端,因为DNA聚合酶只能往3"端加核苷酸。下游引物:是沿着正链进行延长的。体外扩增DNA,双螺旋是部分或完全打开的,不存在冈崎片段,也不会一段段延长,理论上正反引物都是不间断延长的,和体内DNA自我复制是有区别的。设计的引物,上游对应的是基因组的正向,下游对应的是基因组的反向。如果把下游引物转换成反向互补,就可以对应了。
2023-07-27 08:42:192

跪求PCr引物的问题 为什么底下的那个叫上游引物

DNA复制总是从5"端到3"端,因为DNA聚合酶只能往3"端加核苷酸。所以谁先复制谁就是上游,往后的就是下游,上游下游是个相对概念,是某一个序列/碱基相对于另一个序列/碱基而言。底下原始链是3"-5",所以引物加上去相当于是前导链,是连续复制的;而上面的原始链是5"-3",所以引物加上去相当于是后随链,是半不连续复制。
2023-07-27 08:42:304

什么是上游引物?

先说上游。DNA分子两端不一样,因为核苷酸分子不是对称的,5"位有个磷酸,3"位是-OH 就是:磷酸端和羟基端。DNA复制总是从5"端到3"端,因为DNA聚合酶只能往3"端加核苷酸。所以谁先复制谁上游,往后的就是下游,上游下游是个相对概念,是某一个序列/碱基相对于另一个序列/碱基而言。引物的概念我就不说了,看摆渡百科。然后DNA是双链,两个链是反向平行的,DNA聚合酶顺着其中一个链走,这个链就是负链,另一个链是反着一段一段复制的,这个是正链。所以上游引物就是位于整个扩增子(就是被扩增的目的序列)的5"端的引物。同DNA负链互补,同正链序列相同。 强烈建议找个教科书抱着看.
2023-07-27 08:42:582

什么是上下游引物

上游引物:DNA分子两端不一样,因为核苷酸分子不是对称的,5"位有个磷酸,3"位是-OH就是:磷酸端和羟基端。DNA复制总是从5"端到3"端,因为DNA聚合酶只能往3"端加核苷酸。所以谁先复制谁上游,往后的就是下游,上游下游是个相对概念,是某一个序列/碱基相对于另一个序列/碱基而言。上游引物是靠近5"端的,下游引物是靠近3‘端的。
2023-07-27 08:43:072

什么是上游引物和下游引物?

虽然这个问题很简单,但我怎么发觉挺难回答的......上游引物就是和要扩增基因片断上游序列结合的引物(引物就是单链寡聚核苷酸,基因扩增需要从引物开始),同理,下游引物指与目的基因片断下游序列结合者。具体示意如下:(上下两条长线代表DNA模板)5"------------------------------------3"(无法控制输入格式啊)3"-----5"<----这个是下游引物5"----3"<--这个是上游引物3"------------------------------------5"我不太明白你的补充问题哈,再解释下:普通的PCR反应(就是用来扩增基因片断的反应),都是有且只有一个上游引物和一个下游引物的,也就是一对引物。因为DNA有两条链啊,半保留复制方式,细节你可以去看看PCR反应原理或生物体的DNA复制等内容。当然也有特殊的时候是单引物或多对引物同时进行扩增反应的。再另外,引物是一个核苷酸一个核苷酸合成的,一般是20个核苷酸左右的长度,不会用引物去扩增引物的。
2023-07-27 08:43:161

上游引物用英文怎么说 引物-R引物-F哪个是上游的哪个是下游的啊?

上游引物:Forward primer,F-引物,又称为正向引物; 下游引物:Reverse primer,R-引物,又称为反向引物.
2023-07-27 08:43:231

pcr 为什么要同时用上下游引物

因为引物通常是人工合成的两段寡核苷酸序列,一个引物与靶区域一端的一条DNA模板链互补;另一个引物与靶区域另一端的另一条DNA模板链互补,其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点,核酸聚合酶可由其3端开始合成新的核酸链。引物序列的 GC 含量一般为 40-60%,过高或过低都不利于引发反应。上下游引物的 GC含量不能相差太大。引物设计的基本原则:①引物长度:15-30bp,常用为20bp左右。②引物碱基:G+C含量以40-60%为宜,G+C太少扩增效果不佳,G+C 过多易出现非特异条带。ATGC最好随机分布,避免5个以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列参照。③引物内部不应出现互补序列。④两个引物之间不应存在互补序列,尤其是避免3 ′端的互补重叠。扩展资料引物设计时应该考虑到引物要有不受基因组DNA污染影响的能力,即引物应该跨外显子,最好是引物能跨外显子的接头区,这样可以更有效的不受基因组DNA污染的影响。做染料法最关键的就是寻找到合适的引物和做污染的预防工作。对于引物,你要有从一大堆引物中挑出一两个能用的引物的思想准备---寻找合适的引物非常不容易。关于BLAST的作用应该是通过比对,发现你所设计的这个引物,在已经发现并在GENEBANK中公开的全部物种基因序列当中,除了和你的目标基因之外,还有没有和其他物种或其他序列当中存在相同的序列,如和你的目标序列之外的序列相同的序列,则可能扩出其他序列的产物,那么这个引物的特异性就很差,从而不能用。反向引物(下游引物)是沿着正链进行延长的。体外扩增DNA,双螺旋是部分或完全打开的,不存在冈崎片段,也不会一段段延长,理论上正反引物都是不间断延长的,和体内DNA自我复制是有区别的。正向引物(上游引物)是沿着负链进行不间断延长的。 正链即有义链,也称编码链,一般位于双链DNA上端,方向从左到右为5‘——3",碱基序列和该基因mRNA基本相同;与该链结合的引物为反向引物。参考资料来源:百度百科-引物
2023-07-27 08:43:321

上游引物与模板编码相同吗

不相同。上游引物是PCR扩增反应中的一种引物,用于扩增目标DNA片段的起始端,通常与模板DNA序列不同。模板编码是指DNA序列中的编码信息,用于指导蛋白质的合成。在PCR扩增反应中,上游引物和下游引物的序列都需要与模板DNA序列互补配对,才能够进行扩增。因此,上游引物和模板编码是不同的概念。
2023-07-27 08:43:461

pcr技术在上游引物从哪一端添加限制酶?

PCR技术中,在上游引物的5"端可以加入限制性内切酶切割位点,以便后续对PCR产物进行克隆、测序等操作。此时限制性内切酶切割位点应该添加在引物的末端,靠近3"端的位置。由于PCR反应是从模板DNA的5"端向3"端延伸合成新链,因此,如果将限制性内切酶切割位点添加在引物的3"端,就可能使得引物在PCR过程中被切割,从而影响PCR扩增效率和结果。因此,一般建议将限制性内切酶切割位点添加在引物的末端,距离3"端适当距离的位置。
2023-07-27 08:43:521

上下游引物怎么扩增范围

上游引物和下游引物分别靶向目的基因的5端和3端。在dna聚合酶的催化下会不断的扩增这一段dna。
2023-07-27 08:44:001

目的基因上游引物中引入了终止密码,而原核表达载体上有ATG,这样我的目的基因能被表达出来吗?

翻译不出来。首先在转录水平上能转录出全场mRNA其次但是到翻译水平是,核糖体会沿着mRNA从3‘端向5"端滑动,遇到第一个atg开始翻译,此后遇到终止子停止翻译。因此你的蛋白很难被翻译出来。但是,终止子的效率不是百分之百,可能会有极少量蛋白质翻译出来,但是量太少,没意义。
2023-07-27 08:44:202

PCR为什么需要2条引物

PCR就是聚合酶链式扩增反应,因为DNA是双链,扩增时就需要同时扩增两条链,需要设计上游和下游引物,同时扩增DNA双链因为引物通常是人工合成的两段寡核苷酸序列,一个引物与靶区域一端的一条DNA模板链互补; 另一个引物与靶区域另一端的另一条DNA模板链互补,其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点,核酸聚合酶可由其3端开始合成新的核酸链。   引物序列的 GC 含量一般为 40-60%,过高或过低都不利于引发反应。  上下游引物的 GC含量不能相差太大。   引物自身不应存在互补序列,否则引物自身会折叠成发夹结构Hairpin使引物本身复性。   这种二级结构会因空间位阻而影响引物与模板的复性结合。  引物自身不能有连续4个碱基的互补。   两引物之间也不应具有互补性,尤其应避免3′ 端的互补重叠以防止引物二聚体Dimer与Cross dimer的形成。   引物之间不能有连续4个碱基的互补。   引物二聚体及发夹结构如果不可避免的话,应尽量使其△G值不要过高应小于4.5kcal/mol,?G 值是指 DNA 双链形成所需的自由能。   该值反映了双链结构内部碱基对的相对稳定性,否则易导致产生引物二聚体带,并且降低引物有效浓度而使PCR 反应不能正常进行。   扩展资料: 反向引物下游引物是沿着正链进行延长的。  体外扩增DNA,双螺旋是部分或完全打开的,不存在冈崎片段,也不会一段段延长,理论上正反引物都是不间断延长的,和体内DNA自我复制是有区别的。   正向引物上游引物是沿着负链进行不间断延长的。   正链即有义链,也称编码链,一般位于双链DNA上端,方向从左到右为5"——3",碱基序列和该基因mRNA基本相同;与该链结合的引物为反向引物; 负链即无义链,也称非编码连,和正链互补,与该链结合的引物为正向引物。   PCR反应中有两条引物,即5′端引物和3′引物。   设计引物时以一条DNA单链为基准常以信息链为基准,5′端引物与位于待扩增片段5′端上的一小段DNA序列相同;3′端引物与位于待扩增片段3′端的一小段DNA序列互补。   引物设计的基本原则: ①引物长度:15-30bp,常用为20bp左右。   ②引物碱基:G+C含量以40-60%为宜,G+C太少扩增效果不佳,G+C 过多易出现非特异条带。  ATGC最好随机分布,避免5个以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列参照。   ③引物内部不应出现互补序列。   ④两个引物之间不应存在互补序列,尤
2023-07-27 08:44:301

PCR体外扩增中,上游引物扩增到什么地方终止,怎么终止的

DNA有终止子的,扩增到终止子的地方就停止了。具体终止子怎么把它终止的,看生化课本吧。不同物种的DNA也不一样。一般给你碱基序列的那条模板,假设为A链,它的互补链是B链。第一次延伸:上游引物是识别B链往下延伸的,它延伸出来的碱基序列跟A链一样。下游引物是识别A链往下延伸,它延伸出来的序列跟B链一样。 5"----------------3"A 3------5 上游引物 下游引物5------3 3"----------------5" 第二次延伸:新合成的链同原始的模板一样也可作为模板扩增。给你个视频网址 这里面讲的很清楚 还是动画的。http://v.youku.com/v_playlist/f1644182o1p8.html
2023-07-27 08:44:462

上游引物和下游引物长度必须相同吗

不需要相同,只要退火温度相差不远就行
2023-07-27 08:44:541

lncRNA逆转录的引物如何设计啊?是用随即引物吗

lz说的是下游引物吧,下游引物是针对反转录时的茎环引物设计的;lz首先要知道你的反转录引物的序列,然后设计与反转录引物的非茎环配对的下游定量引物,上游引物则是特异性结合mirna的引物
2023-07-27 08:45:033

如何用oligo设计基因敲除的引物

第一步:新建序列(或者通过Open直接打开序列)第二步:确定你要设计引物的起始位点,双击下面的序列可以选中一段(暂时先不要管引物长度)第三步:选择作为上游引物Select->Forward Primer,然后你会发现下面的序列上有相关引物第四步:编辑引物,Edit->Forward Primer,可以在文本框中对引物进行添加或删除(在此步骤中加入酶切位点或/和保护碱基),最下面是发夹结构情况,没有发夹结构最好,参与配对形成发夹结构的碱基对越少越好(此窗口还有Tm等信息)第五步:分析引物Analyze->Duplex Formation->Forward Primer是上游引物形成二聚体情况,不形成最好,参与配对形成二聚体的碱基对越少越好;Analyze->****->Forward Primer(Analyze菜单中有很多可以对引物进行评估的功能,根据菜单名字便可知道)第六步:设计下游引物(同上游引物设计)第七步:将设计好的引物进行检查是否移码等等,然后从中Ctrl+C复制出来,
2023-07-27 08:45:101

上游引物P 的是3ˊ端的还是5ˊ端的?

是5‘端。因为DNA的复制是从5‘到3",引物的作用是与模板结合并引发后续DNA产物链条的延伸。
2023-07-27 08:45:181

想用PCR扩增下面一段序列,急求高手写出上游引物和下游引物。

上游引物:GAATTCacgcgcaagattagg(后面可以继续加几个碱基,用PRIMER5.0看一下,引物设计多少个碱基合适,每个基因序列不同。我用TOYOBO的KODPLUS的话,就一般引物设计18~22个碱基,一般都能扩增出来)下游引物:GCGGCCGCccttgggaagaaaaagc(后面可以继续加几个碱基,用PRIMER5.0看一下,引物设计多少个碱基合适,每个基因序列不同)
2023-07-27 08:45:251

PCR当中两个引物分别是怎么样的?具体详细的说一下。是怎么设计的?两个引物的关系以及在PCR中起的作用。

引物是一小段核苷酸。PCR中,两个引物分别与目地DNA的2条子链的两端互补,也就是如果从图的平面来看:一个引物与上一条链的左端互补,另一个引物与下一条子链的右端互补。所以两个引物的序列是不相同的,这样才不会乱。引物的作用:有了引物分别与子链互补,那些单个的脱氧核苷酸才能够开始连接上去。
2023-07-27 08:45:332

left primer是上游引物吗

是上游引物。正向引物=forwardprimer,反向引物=reverseprimer,只有中文说法里有上游下游,英文里没有。
2023-07-27 08:45:521

如何使用新版BLAST验证引物特异性

1、进入Blast网页2、点击Search for short, nearly exact matches3、 在search栏中输入引物系列:注:文献报道ABCG2的引物为5"-CTGAGATCCTGAGCCTTTGG-3"5"-TGCCCATCACAACATCATCT-3"(1)输入方法可先输入上游引物,进行blast程序,同样方法在进行下游引物的blast程序。这种方法叫繁琐,而且在结果分析特异性时要看能与上游引物的匹配的系列,还要看与下游引物匹配的系列——之后看两者的交叉。(2)简便的做法是同时输入上下游引物:有以下两种方法。输入上下游引物系列都从5"——3"。A、输入上游引物 空格 输入下游引物B、输入上游引物 回车 输入下游引物4、 在options for advanced blasting中:select from 栏通过菜单选择Homo sapiens【ORGN】Expect后面的数字改为105、在format中:select from 栏通过菜单选择Homo sapiens【ORGN】. Expect后面的数字填上0 106、 点击网页中最下面的“BLAST!”7、 出现新的网页,点击Format!8、 等待若干秒之后,出现results of BLAST的网页。该网页用三种形式来显示blast的结果。(1)图形格式:图中①代表这些序列与上游引物匹配、并与下游引物互补的得分值都位于40~50分图中②代表这些序列与上游引物匹配的得分值位于40~50分,而与下游引物不互补图中③代表这些序列与下游引物互补的得分值小于40分,而与上游引物不匹配通过点击相应的bar可以得到匹配情况的详细信息。 (2)结果信息概要:从左到右分别为:A、数据库系列的身份证:点击之后可以获得该序列的信息B、系列的简单描述C、高比值片段对(high-scoring segment pairs, HSP)的字符得分。按照得分的高低由大到小排列。得分的计算公式=匹配的碱基×2+0.1。举例:如果有20个碱基匹配,则其得分为40.1。D、E值:代表被比对的两个序列不相关的可能性。【The E value decreases exponentially as the Score (S) that is assigned to a match between two sequences increases】。E值最低的最有意义,也就是说序列的相似性最大。设定的E值是我们限定的上限,E值太高的就不显示了E、最后一栏有的有UEG的字样,其中:U代表:Unigene数据库 E代表:GEO profiles数据库G代表:Gene数据库(3)结果详细信息:①圈出来的部分代表序列的信息②第一个大括号代表上游引物与该序列的正链【Plus/Plus】的匹配情况:共有21个碱基匹配,得分42.1分【21×2+0.1=42.1】,E值为0.020上游引物与序列的2143~2163位点匹配③第二个大括号代表下游引物与该序列的负链【Plus/Minus】的匹配情况:共有20个碱基匹配,得分40.1分【20×2+0.1=40.1】,E值为0.077。下游引物与该序列的29360~29379位点互补注意点:①上游引物为20个碱基,为什么会变成21个碱基呢?这是因为下游引物的第一个碱基为T,刚好与系列的2163位点的T匹配,因此下游引物的开头的第一个碱基被当成了上游引物了。同理,上游引物的最后一个碱基为G,被当成了下游引物了。通过寻找有没有与1~20位点、20~40位点完全匹配的序列,就可以避免这个因素的干扰了。 ②为什么与上下游引物匹配的ABCG2序列有多种?A、 为同一个基因来源的不同的mRNA片段B、 为该基因的DNA系列C、 为同一个基因来源的不同的cDNA克隆片段。结果判断:①验证文献报道的引物是否正确:如果你可以在所显示的结果中找出你的目的基因,一般说明你的引物正确性没问题。如果你blast后没有发现你的目的基因,或者分值很低,该引物就可能不适合用②检测该对引物是否可与其它序列匹配,引起PCR的非特异性扩增。如果找到了你的目的基因名称,而且找到了一大批同物种的不同基因,(上下游引物分别搜索到相同的基因),而且分数也较高。这时表明你的引物设计的特异性不高,极有可能在你的扩增产物中出现非特异性产物。
2023-07-27 08:46:001

做菌落PCR时的上下游引物是谁的?是目的片段PCR是的上下游引物还是载体的上下游引物?

都可以。最排除背景的方法是用交叉引物做菌P,也就是上游引物是载体引物,下游引物是目的基因下游引物,或者上游引物是目的基因上游引物,下游引物是载体下游引物,这样可以最大限度排除背景,只要能扩出来的基本上就可以肯定是重组子了
2023-07-27 08:46:093

测序结果只能找到上游引物,没有下游引物是怎么回事

引物(Primer)在聚合作用的起始时,可以刺激合成另一种大分子,并与反应物以共价键形式连接的序列。在核酸化学中,引物是一段短的单链RNA或DNA片段,可结合在核酸链上与之互补的区域,其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点,核酸聚合酶可由其3′端开始合成新的核酸链。体外人工设计的引物被广泛用于聚合酶链反应、测序和探针合成等。
2023-07-27 08:46:171

多重pcr引物设计的原理有哪些

1、多杀性巴氏杆菌的Km t 及toxA 基因 T +Pm具有Km t 及toxA 基因 T Pm具有Km t基因 PCR引物:P1: 5′- A TC CGC TA T TTA CCC A GT GG-3′ P2: 5′-GCT GTA AAC GAA CTC GCC AC-3′ P3: 5′- CTT A GA TGA GCG ACA A GG-3′ P4: 5′- GAA TGC CAC ACC TCT A TA G-3′ 引物P1,P2检测Pm,扩增片段为457bp; 引物P3,P3检测T +Pm,扩增片段为864bp.退火温度56℃,时间30秒2、禽多杀性巴氏杆菌基因序列(U51470) 引物:上游引物:5"-TGC CAA AGT TGC CAA TAC TCC-3" 下游引物:5"-TCC CGT CCT CAT TTC TTG CG-3"退火温度45℃,时间1分钟3、猪巴氏杆菌参考GenBank中猪巴氏杆菌序列设计引物上游PAS1:5"-AgggCACgCAggCggACTTTTA-3" 上游PAS2:5"-ATCgACAgCgTTTACAgCgTggA-3"退火温度56.5℃,时间1分钟4、致病性嗜水气单胞菌( 嗜水气单胞菌标准株Ah10501)究针对GenBank 中登录的致病性嗜水气单胞菌的溶血素基因( hlyA ) 、气溶素基因( aerA ) 以及为气单胞菌属所特有的内参照基因16S rRNA 保守区设计了3 对特异性引,非致病性分离株均未扩增出毒力基因hlyA 和aerA ,而致病性分离株则至少含有hlyA 基因
2023-07-27 08:46:261

上游引物 5′-CTCTTTGATGTCACGCACGATTTC-3′, 下游引物 5′-ATCGTGGGCCGCTCTAGGCACC-3′,

“扩增片段长度为542bp”是指:用上游引物(5′-CTCTTTGATGTCACGCACGATTTC-3′)和下游引物 (5′-ATCGTGGGCCGCTCTAGGCACC-3′)进行PCR扩增反应之后,得到上下游引物之间的某个基因特异片段的长度大小,具体是哪个基因的,那么应该是你在设计上下游引物之前就已经确定的。
2023-07-27 08:46:363

基因的克隆,转导,表达,在对目的基因PCR时,为什么一些人设计的上游引物不是从ATG开始的,而是从中上段开始

克隆基因的编码框时,必须从ATG开始或UTR处开始。当你想表达这个基因时,PCR产物必须包括完整的读码框;当你需要该基因融合GFP时,不仅需要从ATG开始,终止密码子必须突变掉,而且目的基因与GFP必须在一个读码框中。而需要监测目的基因的表达水平时,如果使用RT-PCR,则最好是从基因的中上段开始设计引物,因为在RNA提取时,可能得到的部分RNA有小部分降解,或反转录时,只反转录了一部分,没有到ATG这端,因此,从中上有设计的引物更容易监测到目的基因的表达。望采纳!
2023-07-27 08:46:474

已知上游引物怎么求下游引物

上游引物:GAATTCacgcgcaaga_tagg(后面可以继续加几个碱基,用PRIMER?5.0看一下,引物设计多少个碱基合适,每个基因序列不同。我用TOYOBO的KOD_LUS的话,就一般引物设计18~22个碱基,一般都能扩增出来)_掠我铮?_CGGCCGCccttgggaagaaaaagc(后面可以继续加几个碱基,用PRIMER?5.0看一下,引物设计多少个碱基合适,每个基因序列不同)
2023-07-27 08:46:541

上游引物和下游引物为什么分别加

分别加只是每个实验室操作习惯而已,上下游引物也可以混合后一起加入PCR体系中,我们实验室就是这样做的
2023-07-27 08:47:023

你好,请问设计动物的上游引物时,必须从ATG开始还是可以从ATG的上游开始?

没有关系的,不影响,只要PCR能p出ATG不影响基因表达就OK,多几个上游碱基没事。关键不在这里在于设计的引物要符合引物设计的基本原则,越符合越好。
2023-07-27 08:47:102

为什么测序结果上游引物可以对应到基因组,下游引物不可以

你设计的引物,上游对应的是基因组的正向,下游对应的是基因组的反向。如果把下游引物转换成反向互补,就可以对应了。
2023-07-27 08:47:371

买引物时只需要提供上游序列吗

引物有一条和模版的序列相同,而另一条和模版的序列反向互补,上游和下游是自己定的,分别位于模版的两端。上游引物就是和要扩增基因片断上游序列结合的引物(引物就是单链寡聚核苷酸,基因扩增需要从引物开始),同理,下游引物指与目的基因片断下游序列结合者。
2023-07-27 08:47:451

想问一下PCR里的一对引物的方向是不是一致。谢谢

方向不一致。第一,反向引物(又称下游引物)是沿着正链进行延长的。第二,正向引物(又称上游引物)是沿着负链进行不间断延长的。第三,上下游引物保证双链DNA两条链合成完毕。
2023-07-27 08:47:551

上游引物可以不加起始密码子

翻译不出来. 首先在转录水平上能转录出全场mRNA 其次但是到翻译水平是,核糖体会沿着mRNA从3‘端向5"端滑动,遇到第一个atg开始翻译,此后遇到终止子停止翻译.因此你的蛋白很难被翻译出来. 但是,终止子的效率不是百分之百,可能会有极少量蛋白质翻译出来,但是量太少,没意义.
2023-07-27 08:48:031

有一个最基本的PCR问题没有明白,引物到底是如何和模板链结合的

一个引物与靶区域一端的一条DNA模板链互补。引物为人工合成的两段寡核苷酸序列,一个引物与靶区域一端的一条DNA模板链互补,另一个引物与靶区域另一端的另一条DNA模板链互补,其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点,核酸聚合酶可由其3端开始合成新的核酸链。PCR引物设计的目的是找到一对合适的核苷酸片段,使其能有效地扩增模板DNA序列。如前述,引物的优劣直接关系到PCR的特异性与成功与否。对引物的设计不可能有一种包罗万象的规则确保PCR的成功,但遵循某些原则,则有助于引物的设计。扩展资料:PCR扩增的作用机制:1、在标准反应中采用三温度点法,双链DNA在90~95℃变性,迅速冷却至40 ~60℃,引物退火并结合到靶序列上,快速升温至70~75℃,在Taq DNA聚合酶的作用下,使引物链沿模板延伸。2、93℃~94℃1min足以使模板DNA变性,若低于93℃则 需延长时间,但温度不能过高,因为高温环境对酶的活性有影响。若不能使靶基因模板或PCR产物完全变性,就会导致PCR失败。3、变性后温度快速冷却至40℃~60℃,可使引物和模板发生结合。由于模板DNA 比引物复杂得多,引物和模板之间的碰撞结合机会远远高于模板互补链之间的碰撞。参考资料来源:百度百科-引物
2023-07-27 08:48:134

PCR出现只用上游引物就能引出片段的情况!怎么解释

你要看看是不是你的上游引物能在你的模板的下游反向结合,然后两个上有引物拉出的中间的一段。也就是说,出现了错配。你在用PP5设计引物时,一定要注意是否出现了错配、错配可能会拉出的条带大小。有时候PP5会漏判出现错配的情况(这个我发现过很多次了)。如果大小类似,建议你测序验证。建议重新设计引物。
2023-07-27 08:48:343

its1和its4哪个是上游引物

这对引物主要是扩增ITS区的,18s的的最后一部分及28s开头的一部分也会扩增,但只有几十个bp 5.8s倒是完全包括在内
2023-07-27 08:48:421

谁能通俗易懂的给我解释一下PCR反应过程中,引物与模板如何结合?扩增出来的是上下游引物之间的片段呢?

为了形象,不写ATCG,换个比较容易看懂的形式模板是: abcd 123...........456efgh上游引物是:987ABCD123下游引物是:456EFGH789(这里为了方便观察下游印务给出了3"-5‘形式,通常下游引物是要写成这段序列“逆序互补”的: 9‘8"7‘H‘G"F‘E"6‘5"4‘ " 表示这个碱基互补碱基)那么PCR的结果就是:987ABCD123..........456EFGH789 以上例子中,789 987被称为保护碱基,ABCD EFGH通常是酶切位点,123.........456就是目的基因,而模板中的abcd efgh在设计模板时可有可无
2023-07-27 08:48:493

PCR上游和下游引物可以插入同一种酶切位点吗

可以,只要连接的质粒也是用这种酶进行单酶切,不过这种连接方式效率很低,通常才用的都是两种不同的酶进行的双酶切,然后做连接转化。
2023-07-27 08:48:592

PCR 引物有几种

引物按大类来分可分为特异性引物和随机引物两大类。特异性引物就是根据所知序列的上下游序列设计的一对引物,一般用做扩增特定的DNA片段。一般为20~28nt。一般常用的都是特异性引物。随机引物就是一段随机的核苷酸序列,一般为20nt以下。用于扩增出多条条带进行多态性分析之用。包括RAPD引物、SSR引物等。
2023-07-27 08:49:084

上游引物和下游引物有什么区别

简单的说上游引物就是和要扩增基因片断上游序列结合的引物,下游引物指与目的基因片断下游序列结合者.上游引物:DNA分子两端不一样,因为核苷酸分子不是对称的,5"位有个磷酸,3"位是-OH就是:磷酸端和羟基端。DNA复制总是从5"端到3"端,因为DNA聚合酶只能往3"端加核苷酸。下游引物:是沿着正链进行延长的。体外扩增DNA,双螺旋是部分或完全打开的,不存在冈崎片段,也不会一段段延长,理论上正反引物都是不间断延长的,和体内DNA自我复制是有区别的。判断是上游引物还是下游引物的方法:是谁先复制谁是上游,往后的就是下游,上游下游是个相对概念,是某一个序列/碱基相对于另一个序列/碱基而言的。扩展资料引物(Primer)在聚合作用的起始时,可以刺激合成另一种大分子,并与反应物以共价键形式连接的序列。在核酸化学中,引物是一段短的单链RNA或DNA片段,可结合在核酸链上与之互补的区域,其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点,核酸聚合酶可由其3′端开始合成新的核酸链。体外人工设计的引物被广泛用于聚合酶链反应、测序和探针合成等。上游引物:Forwardprimer,F-引物,又称为正向引物;下游引物:Reverseprimer,R-引物,又称为反向引物。参考资料:百度百科-反向引物参考资料:百度百科-上游引物
2023-07-27 08:49:291

上游引物和下游引物有什么区别

简单的说上游引物就是和要扩增基因片断上游序列结合的引物,下游引物指与目的基因片断下游序列结合者.上游引物:DNA分子两端不一样,因为核苷酸分子不是对称的,5"位有个磷酸,3"位是-OH 就是:磷酸端和羟基端。DNA复制总是从5"端到3"端,因为DNA聚合酶只能往3"端加核苷酸。下游引物:是沿着正链进行延长的。体外扩增DNA,双螺旋是部分或完全打开的,不存在冈崎片段,也不会一段段延长,理论上正反引物都是不间断延长的,和体内DNA自我复制是有区别的。判断是上游引物还是下游引物的方法:是谁先复制谁是上游,往后的就是下游,上游下游是个相对概念,是某一个序列/碱基相对于另一个序列/碱基而言的。扩展资料引物(Primer)在聚合作用的起始时,可以刺激合成另一种大分子,并与反应物以共价键形式连接的序列。在核酸化学中,引物是一段短的单链RNA或DNA片段,可结合在核酸链上与之互补的区域,其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点,核酸聚合酶可由其3′端开始合成新的核酸链。体外人工设计的引物被广泛用于聚合酶链反应、测序和探针合成等。上游引物:Forward primer,F-引物,又称为正向引物;下游引物:Reverse primer,R-引物,又称为反向引物。参考资料: 百度百科-反向引物参考资料: 百度百科-上游引物
2023-07-27 08:49:372

什么是上游引物和下游引物?

虽然这个问题很简单,但我怎么发觉挺难回答的......上游引物就是和要扩增基因片断上游序列结合的引物(引物就是单链寡聚核苷酸,基因扩增需要从引物开始),同理,下游引物指与目的基因片断下游序列结合者。具体示意如下:(上下两条长线代表DNA模板)5"------------------------------------3"(无法控制输入格式啊)3"-----5"<----这个是下游引物5"----3"<--这个是上游引物3"------------------------------------5"我不太明白你的补充问题哈,再解释下:普通的PCR反应(就是用来扩增基因片断的反应),都是有且只有一个上游引物和一个下游引物的,也就是一对引物。因为DNA有两条链啊,半保留复制方式,细节你可以去看看PCR反应原理或生物体的DNA复制等内容。当然也有特殊的时候是单引物或多对引物同时进行扩增反应的。再另外,引物是一个核苷酸一个核苷酸合成的,一般是20个核苷酸左右的长度,不会用引物去扩增引物的。
2023-07-27 08:49:531

什么是上游引物和下游引物?

虽然这个问题很简单,但我怎么发觉挺难回答的......上游引物就是和要扩增基因片断上游序列结合的引物(引物就是单链寡聚核苷酸,基因扩增需要从引物开始),同理,下游引物指与目的基因片断下游序列结合者。具体示意如下:(上下两条长线代表DNA模板)5"------------------------------------3"(无法控制输入格式啊)3"-----5"<----这个是下游引物5"----3"<--这个是上游引物3"------------------------------------5"我不太明白你的补充问题哈,再解释下:普通的PCR反应(就是用来扩增基因片断的反应),都是有且只有一个上游引物和一个下游引物的,也就是一对引物。因为DNA有两条链啊,半保留复制方式,细节你可以去看看PCR反应原理或生物体的DNA复制等内容。当然也有特殊的时候是单引物或多对引物同时进行扩增反应的。再另外,引物是一个核苷酸一个核苷酸合成的,一般是20个核苷酸左右的长度,不会用引物去扩增引物的。
2023-07-27 08:50:011

什么是上游引物和下游引物?

引物(Primer)在聚合作用的起始时,可以刺激合成另一种大分子,并与反应物以共价键形式连接的序列。在核酸化学中,引物是一段短的单链RNA或DNA片段,可结合在核酸链上与之互补的区域,其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点,核酸聚合酶可由其3′端开始合成新的核酸链。体外人工设计的引物被广泛用于聚合酶链反应、测序和探针合成等。上游引物:DNA分子两端不一样,因为核苷酸分子不是对称的,5"位有个磷酸,3"位是-OH 就是:磷酸端和羟基端。DNA复制总是从5"端到3"端,因为DNA聚合酶只能往3"端加核苷酸。所以谁先复制谁上游,往后的就是下游,上游下游是个相对概念,是某一个序列/碱基相对于另一个序列/碱基而言。 DNA是双链,两个链是反向平行的,DNA聚合酶顺着其中一个链走,这个链就是负链,另一个链是反着一段一段复制的,这个是正链。
2023-07-27 08:50:112

什么是上游引物和下游引物?

虽然这个问题很简单,但我怎么发觉挺难回答的......上游引物就是和要扩增基因片断上游序列结合的引物(引物就是单链寡聚核苷酸,基因扩增需要从引物开始),同理,下游引物指与目的基因片断下游序列结合者。具体示意如下:(上下两条长线代表DNA模板)5"------------------------------------ 3"(无法控制输入格式啊) 3"----- 5"<----这个是下游引物5"----3" <--这个是上游引物3"------------------------------------ 5"我不太明白你的补充问题哈,再解释下:普通的PCR反应(就是用来扩增基因片断的反应),都是有且只有一个上游引物和一个下游引物的,也就是一对引物。因为DNA有两条链啊,半保留复制方式,细节你可以去看看PCR反应原理或生物体的DNA复制等内容。当然也有特殊的时候是单引物或多对引物同时进行扩增反应的。再另外,引物是一个核苷酸一个核苷酸合成的,一般是20个核苷酸左右的长度,不会用引物去扩增引物的。
2023-07-27 08:50:213

什么是上下游引物

上游引物:DNA分子两端不一样,因为核苷酸分子不是对称的,5"位有个磷酸,3"位是-OH就是:磷酸端和羟基端。DNA复制总是从5"端到3"端,因为DNA聚合酶只能往3"端加核苷酸。所以谁先复制谁上游,往后的就是下游,上游下游是个相对概念,是某一个序列/碱基相对于另一个序列/碱基而言。上游引物是靠近5"端的,下游引物是靠近3‘端的。
2023-07-27 08:50:301

什么是上下游引物

先说上游。DNA分子两端不一样,因为核苷酸分子不是对称的,5"位有个磷酸,3"位是-OH 就是:磷酸端和羟基端。DNA复制总是从5"端到3"端,因为DNA聚合酶只能往3"端加核苷酸。所以谁先复制谁上游,往后的就是下游,上游下游是个相对概念,是某一个序列/碱基相对于另一个序列/碱基而言。引物的概念我就不说了,看摆渡百科。然后DNA是双链,两个链是反向平行的,DNA聚合酶顺着其中一个链走,这个链就是负链,另一个链是反着一段一段复制的,这个是正链。所以上游引物就是位于整个扩增子(就是被扩增的目的序列)的5"端的引物。同DNA负链互补,同正链序列相同。 强烈建议找个教科书抱着看.
2023-07-27 08:50:551

pcr 为什么要同时用上下游引物

因为引物通常是人工合成的两段寡核苷酸序列,一个引物与靶区域一端的一条DNA模板链互补;另一个引物与靶区域另一端的另一条DNA模板链互补,其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点,核酸聚合酶可由其3端开始合成新的核酸链。引物序列的 GC 含量一般为 40-60%,过高或过低都不利于引发反应。上下游引物的 GC含量不能相差太大。引物设计的基本原则:①引物长度:15-30bp,常用为20bp左右。②引物碱基:G+C含量以40-60%为宜,G+C太少扩增效果不佳,G+C 过多易出现非特异条带。ATGC最好随机分布,避免5个以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列参照。③引物内部不应出现互补序列。④两个引物之间不应存在互补序列,尤其是避免3 ′端的互补重叠。扩展资料引物设计时应该考虑到引物要有不受基因组DNA污染影响的能力,即引物应该跨外显子,最好是引物能跨外显子的接头区,这样可以更有效的不受基因组DNA污染的影响。做染料法最关键的就是寻找到合适的引物和做污染的预防工作。对于引物,你要有从一大堆引物中挑出一两个能用的引物的思想准备---寻找合适的引物非常不容易。关于BLAST的作用应该是通过比对,发现你所设计的这个引物,在已经发现并在GENEBANK中公开的全部物种基因序列当中,除了和你的目标基因之外,还有没有和其他物种或其他序列当中存在相同的序列,如和你的目标序列之外的序列相同的序列,则可能扩出其他序列的产物,那么这个引物的特异性就很差,从而不能用。反向引物(下游引物)是沿着正链进行延长的。体外扩增DNA,双螺旋是部分或完全打开的,不存在冈崎片段,也不会一段段延长,理论上正反引物都是不间断延长的,和体内DNA自我复制是有区别的。正向引物(上游引物)是沿着负链进行不间断延长的。 正链即有义链,也称编码链,一般位于双链DNA上端,方向从左到右为5‘——3",碱基序列和该基因mRNA基本相同;与该链结合的引物为反向引物。参考资料来源:百度百科-引物
2023-07-27 08:51:054

F是上游还是下游

上游引物:Forward primer,F-引物,又称为正向引物; 下游引物:Reverse primer,R-引物,又称为反向引物.
2023-07-27 08:51:321

如何判断河流上游下游?

如何判断河流上游下游? 如何判断河流上游下游? 河流各段在河道比降、水流特性、水量和侵蚀与堆积作用等方面均不相同,故可分为上游、中游和下游。 具体依据: 1、上游河道比降大,水流湍急,以下切作用为主; 2、中游河道比降小,流速缓,水量增多,以侧蚀为主; 3、下游河道开阔,水量大而流速小,从上游搬运来的冲刷物一部分在这里沉积下来。 什么是上游引物和下游引物? 上游引物就是和要扩增基因片断上游序列结合的引物(引物就是单链寡聚核苷酸,基因扩增需要从引物开始),同理,下游引物指与目的基因片断下游序列结合者。 河流上游下游哪个脏 你好,我们要有惜水节水保护水源的意识。 1、一般而言,下游水受到的污染较严重!因为下游地形平坦,人口众多,工厂也多,工业污水,生活污水。。。。。都多!因此,河流下游较脏! 2、有一个环保口号:我们都生活在下游!其实是从水回圈的角度来看,不论在上游下游,最终的污染会使所有的人承受。 怎样判断河流上下游? 所有的河流最后都是注入海洋的,所以入海的一端就是下游,另一头就是上游。也可以用支流的汇入方向来看,这个方法没图不好说。 如何判断河流的上中下游 看河流的河段啊 河流上游修水库对上游下游中游有什么影响 我拿起绳索很累没有动力怎么办? 在平凡中感知不平凡,在简单中构筑自己的梦想,我想又有什么样的困难不能够克服呢?对 河流上游下游分别分布什么型别产业 河流上游水能资源丰富,一般布局水电工业和动力导向型的产业;河流下游航运条件好,县位于沿海地区,适合发展各种型别的产业。 河流上游,紧接着河源而大多奔流于山谷中的河流上段,称为上游。这段河流的水流特性多为落差大,水流急,冲蚀力强,常有急滩瀑布,两岸陡峭,河谷地形常呈”V“字形断面。 河流下游紧接中游下段。其特性是河床多在冲击平原之上,底坡小,水流缓慢,泥沙多淤积,沙洲众多,在平面上河道多蜿蜒曲折,断面复杂,多呈复式断面形状。 如何判断河流流域 先找出区域范围内最大的一条河流,如果周边地区受这条河流的补给或者是这条河流的补给源,那么这些地方基本都可以归为该河流的流域。 怎样判断河流的上下游 看水流方向就可以判断。水流方向是从上游流向下游的。 请采纳谢谢帅气又萌萌哒的网友 支流大多数位于上游吗?或者说判断河流上下游看有无支流? 不是。所以也不能用此判断河流上下游。判断河流上下游要根据地势高低判断。 如何判断河流干支流 看地图,一般干流较长,且地图上名字会经过多个分岔口。
2023-07-27 08:51:391